Se erigió, al parecer, en los fundamentos de otra preexistente, por los años de la concesión de su Fuero, en 1286. Su estilo es el que imprimían a todas las construcciones la Orden Sanjuanista: amplias dimensiones, muros resistentes, cruz latina.

En su cabecera, el presbiterio, con un retablo dedicado a su titular San Juan Bautista y Jesús recibiendo el bautismo en las aguas del Río Jordán. Otras escenas del retablo alusivas a la Pasión, Muerte y Resurrección del Señor.